1. Introduction

La résistance aux antibiotiques, un phénomène, qui loin d’être nouveau, fait couler beaucoup d’encre depuis quelques années. Dans ce livre, Étienne Ruppé revient sur la diversité du monde bactérien, d’une part les bactéries constitutives du microbiote, qui nous veulent du bien et qui sont essentielles pour le fonctionnement de notre organisme, d’autre part les bactéries pathogènes, capables de provoquer des infections parfois mortelles.

Sans nul doute, la découverte des antibiotiques a révolutionné la médecine moderne, mais elle a aussi mis l’Homme face aux puissantes capacités des bactéries à s’adapter à leur environnement et à résister aux antibiotiques. Dans la lutte contre les infections, les antibiotiques semblent avoir encore une place, même si d’autres alternatives pourraient venir les seconder. Le microbiote pourrait très prochainement être au cœur de la lutte contre la résistance aux antibiotiques.

2. Le monde bactérien est confronté aux antibiotiques depuis la nuit des temps

Sur les centaines de milliers d’espèces de bactéries présentes dans le monde, un nombre relativement limité d’espèces est pathogène pour l’Homme. Parallèlement, le corps humain se compose d’environ 30 000 milliards de cellules, mais aussi d’une quantité au moins aussi importante de bactéries, essentielles au bon fonctionnement de l’organisme.

Ainsi, certaines bactéries sont nos amies, tandis que d’autres sont nos ennemies. Des bactéries, comme le bacille de Koch à l’origine de la tuberculose, sont pathogènes quelles que soient les conditions. D’autres bactéries, comme le staphylocoque doré, « vit sans problème dans les narines de près de 30 % de la population mondiale » (p. 47), ceux que les spécialistes appellent les porteurs sains. Pourtant, cette bactérie est réputée pour provoquer de graves infections dans certains contextes.

Si l’Homme vit en contact permanent avec les bactéries, ces dernières sont confrontées aux substances antibiotiques dans leur environnement depuis des millions d’années. Pour survivre, elles ont développé des mécanismes de résistance, qu’elles sont capables de s’échanger entre elles. En effet, les bactéries disposent d’un moyen particulier pour s’échanger de l’ADN (matériel génétique) entre elles : les plasmides, qui sont des petites molécules d’ADN généralement circulaires présentes dans le cytoplasme des bactéries. Grâce à eux, elles peuvent acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques. Cette résistance n’est pas un phénomène moderne, puisque « des gènes de résistance ont été trouvés dans des bactéries datant de 30 000 ans ! » (p. 70).

« Les antibiotiques sont la découverte majeure en médecine » (p. 20). Or, cette révolution médicale est relativement récente, puisqu’elle date seulement de la première moitié du XXème siècle.L’arrivée des antibiotiques a profondément changé notre vision des infections. Autrefois très souvent mortelles, elles sont devenues presque banales. Pourtant, dès la découverte des antibiotiques, deux points se révèlent importants : d’une part que certaines bactéries sont naturellement résistantes aux antibiotiques, et d’autre part que des bactéries sont capables d’acquérir une résistance.

3. Les antibiotiques, des médicaments devenus peut-être trop banals…

Dans ce livre, Étienne Ruppé raconte l’histoire de Lucie, une jeune femme qui revient de voyage avec une bactérie multirésistante en souvenir. Cette histoire d’infection, en apparence banale et qui pourrait arriver à chacun d’entre nous, interpelle sur notre vision moderne des antibiotiques et des infections.

La découverte des antibiotiques à la fin des années 1920, à partir de champignons, puis de bactéries, et l’essor de leur utilisation médicale ont laissé croire que les médecins pouvaient soigner toutes les infections, grâce à ces nouveaux médicaments.

L’histoire de Lucie en témoigne, les choses ne sont pas si simples. Des premiers cas de résistance sont rapidement découverts. Les chercheurs réagissent en modifiant chimiquement les antibiotiques : « On gomme leurs défauts et on améliore leurs qualités » (p. 32). Mais les bactéries possèdent de multiples stratégies pour contrer les antibiotiques : des mutations, des échanges de plasmides, des gènes de résistance, « des ciseaux pour découper les antibiotiques » (p. 72), des « gardes du corps » (p. 76) pour empêcher la fixation de l’antibiotique sur sa cible, « les reconduites à la frontière » (p. 77) pour empêcher l’entrée de l’antibiotique ou l’expulser hors de la bactérie, etc.

Pour l’Homme, se joue une véritable « course contre la résistance depuis que nous utilisons des antibiotiques » (p. 80). Pourtant, l’apogée de la découverte des antibiotiques dans les années 80 a fait croire à tort au corps médical qu’il pourrait contourner toutes les résistances.

Aujourd’hui, les spécialistes ne peuvent que le constater, certaines bactéries, qualifiées de superbactéries, sont capables de résister à presque tous les antibiotiques disponibles. Les bactéries résistantes et surtout multirésistantes se répandent, à l’hôpital mais aussi en ville, dans les pays industrialisés comme dans les pays en voie de développement. Personne n’y échappe.

Ainsi, les chercheurs ont pu retrouver des bactéries résistantes dans les selles d’enfants vivant dans des zones reculées, où les antibiotiques ne sont pas utilisés. « On estime aujourd’hui en France qu’un sujet sur 10 en est porteur » (p. 97). De même, « un voyageur sur deux revient avec au moins un Escherichia coli (bactérie intestinale) multirésistant dans le ventre » (p. 104).

4. La résistance aux antibiotiques, ce n’est pas qu’une histoire d’Homme !

Dans les années 60, les chercheurs découvrent les premiers antibiotiques totalement synthétiques, les quinolones, qui « font naître l’espoir d’antibiotiques sans résistance » (p. 32). Il faudra plusieurs décennies pour qu’ils réalisent que les bactéries, grâce à leur grande histoire évolutive, sont très adaptables à leur environnement, même quand celui-ci change. Il faut alors parfois se tourner vers des antibiotiques plus anciens, comme la colistine (un antibiotique de la famille des polymyxines). Malgré sa toxicité rénale, il est devenu le dernier recours dans de nombreuses situations. C’est d’ailleurs la colistine qui sauve la vie de Lucie dans le livre.

Le développement de l’antibiorésistance ne concerne pas que l’Homme. Les animaux et les plantes sont devenus malgré eux de gros consommateurs d’antibiotiques dans le monde, et ainsi des vecteurs de résistance. Aujourd’hui, « la moitié du tonnage annuel d’antibiotiques est utilisée en agriculture » (p. 118). Les antibiotiques ne sont alors pas utilisés contre des infections, mais servent de facteurs de croissance, pour augmenter le rendement des exploitations. Cette utilisation a débuté dans les années 1950, à l’époque où « l’antibiorésistance n’est qu’un concept » (p. 42). Mais elle a largement contribué depuis à favoriser l’émergence des bactéries résistantes. En 2006, l’Union Européenne interdit les antibiotiques comme facteurs de croissance dans l’élevage, mais cette pratique reste autorisée aux USA, sous certaines conditions.

La résistance aux antibiotiques est par ailleurs étroitement liée au développement des soins hospitaliers. L’essor de la réanimation et de la chirurgie a favorisé les infections nosocomiales, ces infections que l’on contracte à l’hôpital ou lors d’un acte de soins. Les services de réanimation, très consommateurs d’antibiotiques, sont particulièrement touchés par l’essor des bactéries multirésistantes, qui la plupart du temps restent confinées au milieu hospitalier. La lutte contre les infections nosocomiales passe aussi par l’hygiène.

Dans les Hôpitaux Universitaires de Genève, Didier Pittet met au point les solutions hydro-alcooliques et leur utilisation, un modèle d’hygiène au retentissement international. Qui n’a pas aujourd’hui à portée de main sa petite solution hydro-alcoolique ? « Ce modèle est impératif pour contenir la diffusion des superbactéries qui résident à l’hôpital en permanence » (p. 93). Même s’il ne suffit pas à lui seul à régler le problème.

5. Quelles stratégies pour aujourd’hui … et pour demain ?

Face au constat sans appel de l’antibiorésistance, quelles sont aujourd’hui les solutions envisageables ?

Étienne Ruppé insiste dans le livre sur le nécessaire bon usage des antibiotiques. « La réduction de la consommation d’antibiotiques conduit mécaniquement à une baisse de la fréquence des bactéries multirésistantes » (p. 113). Pourtant, si la campagne nationale de 2002, Les antibiotiques, c’est pas automatique, avait permis de faire chuter la consommation d’antibiotiques, la campagne de 2010, Les antibiotiques, si on les utilise à tort ils seront moins forts, n’a pas connu le même succès.

En 2017, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a ainsi placé la France « dans le peloton de tête des pays les plus consommateurs d’antibiotiques » (p. 118). Des efforts d’information et de formation restent nécessaires pour accomplir des progrès dans ce domaine.

Parallèlement, les chercheurs n’ont pas renoncé à découvrir de nouveaux antibiotiques, plus efficaces. Mais ils travaillent également sur d’autres aspects, comme une meilleure organisation des soins à l’hôpital ou encore le développement des examens bactériologiques. Actuellement, les médecins prescrivent une antibiothérapie probabiliste (probablement efficace contre la bactérie supposée responsable de l’infection) avant même d’avoir reçu les résultats des prélèvements. « On démarre au lance-roquettes et on poursuit avec un six-coups » (p. 123). L’automatisation des laboratoires et le développement de nouvelles méthodes moléculaires pourraient permettre d’utiliser directement le bon antibiotique dès le départ.

Les antibiotiques ne sont pas la seule arme disponible contre les infections bactériennes. Étienne Ruppé évoque une approche née avant même la découverte des premiers antibiotiques, la phagothérapie. « Les bactéries souffrent aussi d’infections virales, en effet elles sont la cible des phages, les virus des bactéries » (p. 137).

L’utilisation des phages pourrait être la solution face à l’antibiorésistance. « Virtuellement, la diversité immense des phages permet de considérer qu’il n’existe pas de souche bactérienne immunisée contre tous les phages, alors qu’il existe des bactéries résistantes à tous les antibiotiques » (p. 140). Mais l’utilisation thérapeutique des phages n’est pas encore d’actualité, car elle soulève plusieurs contraintes, d’ordre réglementaire, technique ou pratique. Des essais cliniques sont en cours pour évaluer l’efficacité de la phagothérapie, mais aussi d’autres alternatives à l’antibiothérapie.

6. Le microbiote intestinal : ces bactéries qui sont nos amies

Un thème revient en force tout au long du livre, le microbiote et son importance dans le contrôle des infections. En effet, le microbiote se compose en grande partie de bactéries, dont la présence est capitale pour notre organisme. « Le microbiote intestinal est notre principal réservoir de bactéries » (p. 55) et chaque individu possède un microbiote unique, qui évolue en permanence.

Dans le microbiote, se retrouvent simultanément des bactéries inoffensives et des bactéries potentiellement pathogènes. Tel un écosystème, sans antibiotique, ces bactéries se régulent mutuellement. Des bactéries peuvent ainsi produire des antibiotiques naturels pour nous protéger de bactéries pathogènes, ou encore stimuler les défenses immunitaires de l’appareil digestif.

Cette situation d’équilibre peut être mise à mal, lorsqu’un antibiotique est administré, par voie orale ou par une injection. Alors qu’elles ne sont pas la cible du médicament, les bactéries sensibles à l’antibiotique peuvent être tuées, et le microbiote fragilisé. « Dans le côlon, les antibiotiques vont tuer nos bactéries sensibles. Les résistantes quant à elles s’en frotteront les flagelles : adieu les bactéries intestinales qui les empêchaient de s’installer ! » (p. 60). Les antibiotiques doivent donc être réservés au traitement des infections bactériennes confirmées, pour préserver au maximum le microbiote et éviter la prolifération des bactéries résistantes.

Par ailleurs, un nombre croissant de spécialistes attribue au microbiote un rôle dans le développement de nombreuses maladies, comme les allergies, les maladies cardiovasculaires, la maladie d’Alzheimer ou encore certains cancers. La préservation du microbiote apparaît de plus en plus comme une question centrale de santé. Mais préserver le microbiote de l’effet des antibiotiques n’est pas simple.

Les chercheurs s’intéressent de près à cette question, notamment au travers des essais cliniques menés sur la transplantation de microbiote fécal pour traiter les infections récurrentes à Clostridium difficile (bactérie responsable de graves diarrhées). D’autres recherches explorent différentes pistes pour protéger le microbiote intestinal pendant les traitements antibiotiques. « Le XXIème siècle de Lucie sera celui du microbiote, ou ne sera pas. L’ère post-antibiotique, ce sera pour plus tard ! » (p. 152).

7. Conclusion

Les bactéries ont découvert les antibiotiques bien avant nous et ont mis en place des moyens efficaces pour les contourner. La découverte des antibiotiques, l’une des plus grandes avancées médicales modernes, a laissé croire que les infections et les bactéries responsables pouvaient être mises sous contrôle.

Mais c’était sans compter sur les capacités d’adaptation des bactéries. L’utilisation à outrance et souvent à mauvais escient des antibiotiques chez l’Homme, mais aussi chez l’animal, a favorisé le développement des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Aujourd’hui, vient l’heure de la nécessaire prise de conscience.

En explorant des alternatives aux antibiotiques, en les utilisant de manière ciblée et justifiée et en protégeant au mieux le microbiote, il est possible d’envisager un traitement raisonné des infections et un avenir pour les antibiotiques.

8. Zone critique

Étienne Ruppé n’est pas le premier à alerter l’opinion sur la résistance bactérienne aux antibiotiques. L’apparition et la multiplication dans le monde de cas de bactéries multirésistantes inquiètent les spécialistes et interrogent sur l’avenir des antibiotiques, des médicaments pourtant récents et qui ont totalement révolutionné le traitement des infections.

Tous les spécialistes s’accordent sur les origines de ce phénomène : l’existence d’une résistance naturelle de certaines bactéries, la capacité des bactéries à se transmettre les gènes de résistance, mais aussi le mauvais usage des antibiotiques. L’urgence de la prise de conscience n’est pourtant pas perçue de la même manière par tous. De même, les solutions avancées pour lutter contre ce phénomène ne font pas encore l’unanimité.

Si le bon usage des antibiotiques est prôné par tous, il est parfois difficile à mettre en pratique à l’échelle mondiale, en particulier dans l’élevage. Quant aux alternatives aux antibiotiques, elles soulèvent des interrogations scientifiques, mais aussi des difficultés réglementaires et techniques.

9. Pour aller plus loins

Ouvrage recensé

– Les antibiotiques, c’est la panique ! Les solutions pour lutter contre la résistance des bactéries. Versailles, éditions Quæ, 2018.

Autres pistes

– Antoine Andremont (dir.), Le triomphe des bactéries. La fin des antibiotiques ?, Paris, Max Milo, coll. « L’inconnu », 2007. – Jean Carlet et Pierre Le Coz (dir.), Tous ensemble, sauvons les antibiotiques, Propositions du groupe de travail spécial pour la préservation des antibiotique, 2015. – Thierry Crouzet (dir.), Le geste qui sauve, Lausanne, L’âge d’homme, 2015.– V.M. D’Costa et al. « Antibiotic resistance is ancient ». Nature, 477, 2011, p. 457-461. – Organisation Mondiale de la Santé Animale, « La résistance aux antibiotiques en santé animale et en santé publique », Revue Scientifique et Technique, 31, 2012, 378 p.